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  • Début du Cours
  • 09 mai 2016
  • Fin du cours
  • 26 jui 2016
  • Effort estimé
  • 02:00 h/semaine
  • Langue
  • Français

A propos du cours

Dans ce cours, nous verrons comment l’informatique permet d’interpréter le texte des génomes. Doté d’algorithmes adaptés, mis en œuvre sous forme de programmes efficaces, l’ordinateur produit des prédictions quant à la localisation des milliers de gènes d’un organisme vivant et les fonctions que remplissent les protéines qu’ils codent.

Vous n’êtes pas biologiste ? Ce cours vous apportera les connaissances nécessaires à la compréhension des entités et phénomènes biologiques impliqués : cellule, chromosome, ADN, génome, gènes, transcription, traduction, code génétique, protéines, tous ces termes et d’autres encore vous seront expliqués dans ce contexte de l’interprétation des génomes par des moyens informatiques.

Vous n’êtes pas informaticien ? Ce cours se veut simultanément une introduction à l’algorithmique sur des séquences de caractères. Recherche de motifs, similarité de séquences, chaînes de Markov, reconstruction d’arbres phylogénétiques. Les algorithmes de base impliqués dans ces démarches seront présentés.

Vous n’êtes ni biologiste, ni informaticien ? Ce cours est une opportunité pour aborder conjointement la génomique et l’algorithmique, ou si vous préférez, l’algorithmique et la génomique…

NOUVEAU dans cette session : grâce à un outil dédié (notebooks iPython), vous aurez la possibilité de faire exécuter les algorithmes présentés et d’apprécier ainsi leur pertinence sur des données réelles. Et si vous souhaitez aller encore plus loin, cet outil vous permettra de modifier les programmes écrits en Python qui mettent en œuvre les algorithmes, voire d’en écrire de nouveaux et de les tester.

Pré-requis

Une culture scientifique de niveau bac scientifique facilitera la compréhension des notions abordées.

Plan du cours

  • Semaine 1 : ADN et séquences génomiques
  • Semaine 2 : Gènes et protéines
  • Semaine 3 : Prédiction des gènes
  • Semaine 4 : Comparaison de séquences
  • Semaine 5 : Arbres phylogénétiques

Enseignant

Course Staff Image #1

François RECHENMANN

François Rechenmann est chercheur en bioinformatique. Il a été directeur de recherche chez Inria pendant plus de 30 ans et a notamment travaillé au sein de l’équipe Ibis dont les projets de recherche sont axés sur la biologie numérique. Il se consacre aujourd’hui à ses activités de directeur général de l'entreprise de bioinformatique Genostar.

Thierry Parmentelat

Thierry Parmentelat a mené une carrière hybride entre les mondes académique et industriel. Ses centres d'intérêt couvrent les langages de programmation, les réseaux, et l'algèbre. Actuellement ingénieur de recherche chez Inria, Thierry Parmentelat utilise Python depuis plus de 10 ans pour ses travaux de recherche, ainsi que pour le développement des plateformes expérimentales dont il a la charge.

Organisation du cours

Cours hebdomadaire sur 5 semaines.

Chaque semaine est composée de 10 séquences contenant chacune une vidéo, soit une dizaine de vidéos d'environ 6 minutes.

Des quiz sont associés aux séquences, ainsi que des supports de cours et des activités ou informations complémentaires.

Les algorithmes présentés dans le cours seront implémentés en Python et pourront être exécutés via un outil dédié (des notebooks iPython). Grâce à cet outil, vous aurez la possibilité de modifier les algorithmes voire d'en écrire de nouveau.

Evaluation

Une attestation de suivi sera délivrée sous réserve d'obtention d'un score minimal de 60% aux quiz proposés.

 

Conditions d'utilisation

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Les ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusés sous Licence Creative Commons BY-NC-ND : l’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.

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Ce cours a été réalisé par Inria dans le cadre du projet IDEFI uTOP - Université de Technologie Ouverte Pluri-partenaires - contrat PIA ANR-11-IDEFI-0037.

Crédits photos :
Vignette vidéo : © rolffimages - Fotolia.com
Photo F. Rechenmann : © Inria - Vanessa Peregrin