Table de matières / Table of contents
Introduction
Séquences / Sequences |
Unités / Units |
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Mode d'emploi de la plateforme FUN / Operating instructions for the FUN platform |
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Présentation de l'équipe / Presentation of the team |
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Présentation et organisation du cours et des évaluations / Presentation and organization of the course and evaluations |
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Conditions d'utilisation des ressources / Conditions of use of resources |
Module 1 : Cahier de notes, cahier de laboratoire / Lab books and note books
Séquences / Sequences |
Unités / Units |
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Questionnaire initial : profil et attentes / Initial questionnaire : profile and expectations |
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0. Introduction / Introduction |
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1. Nous utilisons tous des cahiers de notes / Note-taking concerns everyone |
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2. Un aperçu historique de la prise de notes / Note-taking: A quick History |
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3. Du fichier texte au langage de balisage léger / Form text files to lightweight markup languages |
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4. Pérennité et évolutivité des notes avec la gestion de version (Gitlab) / Notes (and codes) that are archived but can evolve with version control systems (Gitlab) |
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5. Les étiquettes et logiciels d'indexation pour s'y retrouver / Finding one's way with tags and desktop search application |
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Supports de cours, transcriptions et sous-titres des vidéos / Courses documents, video transcriptions and subtitles |
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Exercices / Practical session |
Module 2 : La vitrine et l'envers du décor : le document computationnel / Entering Behind the Scenes: Computational Documents
Séquences / Sequences |
Unités / Units |
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0. Introduction / Introduction |
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1. Exemples récents d’études assez discutées / A few recent controversial studies |
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2. Pourquoi est-ce difficile ? / Why is this so difficult? |
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3. Le document computationnel : principe / Computational Documents: principles |
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4. Prise en main des outils (3 parcours) / Hands on (3 paths) |
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📗 4A. Prise en main de l'outil Jupyter / Getting started with Jupyter-Python |
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📘 4B. Prise en main de l'outil R studio / Getting started with RStudio |
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📙 4C. Prise en main de l'outil OrgMode / Getting started with OrgMode |
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5. Travailler avec les autres / Collaborating |
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6. Analyse comparée des différents outils / Comparative study |
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Supports de cours, transcriptions et sous-titres des vidéos, code source / Courses documents, video transcriptions and subtitles, source code |
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Ressources / Resources |
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Exercices / Practical session |
Module 3 : La main à la pâte : une analyse réplicable / Diving in: a replicable analysis
Séquences / Sequences |
Unités / Units |
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0. Introduction / Introduction |
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1. Une analyse réplicable, c’est quoi ? / What is a replicable analysis ? |
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2. Étude de cas : l’incidence de syndromes grippaux / Case study: incidence of influenza-like illness |
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3. Importer les données (3 parcours) / Data import (3 paths) |
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📗 3A. Importer les données avec Jupyter-Python / Data import with Jupyter-Python |
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📘 3B. Importer les données avec Rstudio-R / Data import with RStudio-R |
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📙 3C. Importer les données avec OrgMode-Python+R / Data import with Org-Mode-Python+R |
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4. Vérification et inspection / Verification and inspection (3 paths) |
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📗 4A. Vérification et inspection avec Jupyter-Python / Verification and inspection with Jupyter-Python |
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📘 4B. Vérification et inspection avec Rstudio-R / Verification and inspection with RStudio-R |
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📙 4C. Vérification et inspection avec OrgMode-Python+R / Verification and inspection with |
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5. Questions et réponses / Obtaining answers to a few questions (3 paths) |
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📗 5A. Questions et réponses avec Jupyter-Python / Questions and answers with Jupyter-Python |
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📘 5B. Questions et réponses avec Rstudio-R / Questions and answers with RStudio-R |
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📙 5C. Questions et réponses avec OrgMode-Python+R / Questions and answers with OrgMode-Python+R |
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Supports de cours, transcriptions et sous-titres des vidéos, codes source / Courses documents, video transcriptions and subtitles, source code |
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Exercices / Practical session |
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Travail pratique évalué par les pairs / Practical session evaluated by other participants |
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Module 4 : Vers une étude reproductible : la réalité du terrain / The Rough Road to Real-Life Reproducible Research
Séquences / Sequences |
Unités / Units |
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0. Introduction / Introduction |
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1. L'enfer des données / Data hell |
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2. L'enfer du logiciel / Software hell |
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3. L'enfer du calcul / Numerics hell |
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4. Conclusion : que faut-il retenir de ce Mooc / What to keep in mind about this MOOC |
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Supports de cours, transcriptions et sous-titres des vidéos / Courses documents, video transcriptions and subtitles |
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Ressources / Resources |
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Exercices / Practical session |
