• Fin d'inscription
  • 31 oct 2018
  • Début du Cours
  • 01 oct 2018
  • Fin du cours
  • 07 nov 2018
  • Effort estimé
  • 04:00 h/semaine
  • Langue
  • Français

À propos du cours

usemetabo : le mooc est produit par le Centre National de Recherche Scientifique, l'Institut Français de Bioinformatique , l'Institut National de la Recherche Agronomique , en partenariat avec l'Université de Rennes 1 . Il propose à la communauté francophone de découvrir la métabolomique, une nouvelle démarche scientifique et méthodologique.

Tous les êtres vivants - cellules, animaux, végétaux, champignons - possèdent un métabolisme, c’est-à-dire l’ensemble des réactions biochimiques qui se déroulent en leur sein . La métabolomique s’attache à identifier et à quantifier de façon exhaustive - et non sélective - tous les métabolites d’un système biologique. Issue de l'ère post-génomique et en constante évolution, cette démarche se situe au croisement de la chimie analytique, la bioinformatique, les statistiques et la biologie. Elle s'applique à tous les domaines des Sciences de la Vie : Santé, Biotechnologies, Environnement, Alimentation, Agriculture.

S’appuyant sur des techniques sophistiquées comme la spectrométrie de masse ou la spectrométrie par résonance magnétique nucléaire, la métabolomique apporte des solutions technologiques et offre de nouvelles perspectives scientifiques : un essai clinique sur près de 1000 patients entre 2008 et 2010 a démontré par exemple son efficacité dans le diagnostic précoce et non évasif de certains types de cancer, un horizon très encourageant à moyen terme pour des millions de personnes. La métabolomique fait ainsi émerger de nouveaux horizons économiques et sociétaux majeurs.

  • Vous êtes étudiant de Sciences (Licence ou Master de Biologie, Chimie, Mathématiques, Physique, Informatique, etc.) et vous souhaitez en savoir plus sur la métabolomique ?
  • Vous êtes chercheur, enseignant-chercheur, ingénieur, ou technicien ? Et vous souhaitez vous familiariser avec la métabolomique pour l'intégrer dans votre projet de recherche ?
  • Vous êtes chef d'entreprise ou acteur de l'industrie ? La métabolomique vous interpelle et vous hésitez à faire le pas ?

La maîtrise des concepts, des outils et des méthodologies, et la capacité à intégrer cette démarche dans vos projets constituent un enjeu de formation capital.

20 contributeurs, enseignants et chercheurs, choisissent aujourd'hui de vous accompagner vers les enjeux scientifiques de demain !

Format

Vous prenez part à des activités pédagogiques variées au cours des 5 semaines du mooc : ressources, entraînements, manipulations de logiciels, conseils, discussions, synthèses et ouvertures sur les professions de terrain.

Prérequis

Le mooc usemetabo est totalement ouvert. Il s'adresse à des participants débutants ou confirmés. Des connaissances scientifiques en Biologie, Chimie, Mathématiques, Physique ou Informatique de fin de Licence ou Master sont conseillées pour suivre le cours.

Equipe pédagogique

Serge AKOKA

Serge AKOKA est enseignant-chercheur à l’Université de Nantes. Il pratique la métabolomique au sein de l'équipe EBSI (Elucidation de Biosynthèses par Spectrométries Isotopiques) de l’UMR CEISAM depuis 2005. Il s'intéresse particulièrement aux développements méthodologiques en RMN quantitative et à l’isotopomique. Serge Akoka est membre du Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique (RFMF).

Julien BOCCARD

Julien BOCCARD est collaborateur scientifique au sein de la section des Sciences Pharmaceutiques de l’Université de Genève. Il fait partie du groupe d’Analyses Biomédicales et Métabolomiques où il développe des outils associant chimiométrie et bioinformatique pour l'analyse et l’intégration des données métabolomiques. Il s’intéresse particulièrement aux méthodes multitableaux, multifacteurs et multivoies. Julien est membre élu du conseil d'administration du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF) depuis 2015.

Alain BOUCHEREAU

Alain BOUCHEREAU est Professeur à l'Université de Rennes 1, investi notamment dans l'enseignement et la recherche des adaptations métaboliques mises en oeuvre chez les végétaux, en réponses aux contraintes environnementales. Il co-anime en région une plateforme de métabolomique dans le cadre du GIS Biogenouest. Il est élu depuis 2012 au conseil d'administration du Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique (RFMF).

Frédérique COURANT

Frédérique COURANT est enseignant-chercheur à l'Université de Montpellier. Elle fait partie de l’équipe Contaminants Emergents de l'Unité Hydrosciences. Elle développe depuis plusieurs années l'approche métabolomique par spectrométrie de masse haute résolution en vue d'étudier le devenir et les effets des résidus de médicaments sur les organismes du milieu aquatique. Frédérique est élue au conseil d'administration du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF) depuis 2012.

Catherine DEBORDE

Catherine DEBORDE est ingénieur de recherche INRA. Pendant 8 ans, elle a utilisé la RMN pour explorer le métabolisme central bactérien. Depuis 2003, son activité est centrée sur la RMN métabolomique appliquée à l’étude du métabolisme primaire des plantes sur la Plateforme Métabolome Bordeaux et l'UMRBFP. Catherine DEBORDE s'est fortement investie dans la création et le développement du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF) pendant 10 ans, et est membre d’honneur depuis 2018.

Patrick GIRAUDEAU

Patrick GIRAUDEAU est enseignant-chercheur à l'Université de Nantes et membre de l’Institut Universitaire de France. Au sein de l’équipe EBSI du laboratoire CEISAM, sa recherche porte principalement sur le développement de nouvelles méthodologies en RMN quantitative, appliquées notamment à la métabolomique. Patrick Giraudeau est vice-président du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF).

Bernadette GOVAERTS

Après 7 ans de consultance dans l’industrie chimique, Bernadette GOVAERTS est actuellement enseignante et chercheur en (bio)statistique à l’Université Catholique de Louvain (Belgique). Ses travaux de recherche appliquée répondent aux besoins de traitement/modélisation de données dans le domaine des Sciences du Vivant. En métabolomique, elle est spécialisée dans le prétraitement de données RMN et l’analyse de données simples ou multi-omiques par des méthodes statistiques et chimiométriques.

Yann GUITTON

Yann GUITTON est ingénieur de recherche au LABERCA à Nantes. Il pratique la métabolomique depuis 10 ans et s'intéresse particulièrement à l'annotation automatisée des spectres de masse pour l'identification des biomarqueurs. Yann Guitton est fortement impliqué dans le Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF). Il est membre de son conseil d'administration depuis 2015.

Daniel JACOB

Daniel JACOB est ingénieur de recherche INRA. Membre de la Plateforme Métabolome Bordeaux, intégrée dans l'infrastructure nationale MetaboHub. Il développe depuis plus de 8 ans pour la communauté nationale et internationale des outils et des méthodes pour la métabolomique (traitement du signal et biostatistiques) et plus particulièrement autour de la RMN.

Fabien JOURDAN

Fabien JOURDAN est directeur de recherche INRA. Il développe des méthodes bioinformatiques pour étudier les modulations du réseau métabolique affectées par des perturbations génétiques ou environnementales. Fabien JOURDAN coordonne le développement du serveur web MetExplore qui permet d’analyser les données omiques, notamment métabolomiques, dans le contexte du réseau métabolique. Il est membre du bureau de l’infrastructure nationale de métabolomique et fluxomique (MetaboHub). Depuis 2015, Fabien JOURDAN est président du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF).

Bruno LE BIZEC

Professeur à l'Ecole Nationale Vétérinaire de Nantes et directeur du LABERCA, Unité mixte de recherche Oniris/INRA, Bruno LE BIZEC a développé très tôt avec son équipe des approches métabolomiques pour révéler des biomarqueurs d'effet, en vue de leur utilisation dans un contexte de sécurité des aliments, et de l'étude du lien chez l'homme entre exposition alimentaire à des dangers chimiques et troubles de la santé. Bruno LE BIZEC co-anime une plateforme fédérative de métabolomique dans le Grand Ouest.

Alain PARIS

Alain PARIS est actuellement professeur de métabolomique au Muséum national d’Histoire naturelle. C’est à l’INRA qu’il a développé dès la fin des années 90 des recherches s’appuyant sur l’appréhension globale du métabolisme examinée par RMN ou par spectrométrie de masse. Il poursuit au Muséum des recherches visant à mieux phénotyper les organismes eucaryotes ou procaryotes placés en situation d’intoxication ou d’interaction symbiotique et y enseigne, au niveau master, la métabolomique et les méthodes d’analyse statistique multivariées.

Dominique ROLIN

Professeur à l'Université de Bordeaux et professeur invité à l'Université de Tsukuba, Dominique ROLIN est largement impliqué dans la structuration de la recherche en métabolomique et en fluxomique. Directeur du Centre de Génomique Fonctionnelle de Bordeaux, fédération de sept plateformes technologiques en Aquitaine, ancien Président du RFMF, il anime au niveau national l'infrastructure nationale française pour la métabolomique et la fluxomique (MetaboHub).

Etienne THEVENOT

Etienne THEVENOT est chercheur au CEA à Saclay depuis plus de 10 ans sur l'analyse des données omiques. Il anime l'équipe "Computational metabolomics and high-throughput phenotyping" qui développe de nouvelles méthodes pour le traitement, l'analyse, l'intégration, et l'annotation des données de spectrométrie de masse dans le domaine biomédical. Il est co-responsable du workpackage "bioinformatique" de l'infrastructure nationale de métabolomique et fluxomique (MetaboHub).

Marie TREMBLAY-FRANCO

Marie TREMBLAY-FRANCO est titulaire d’un doctorat en Statistiques. Elle est actuellement Ingénieure statisticienne sur le plateau analytique AXIOM, du centre de recherche en toxicologie alimentaire de l’INRA de Toulouse. AXIOM fait partie de l’infrastructure MetaboHub. Ses thèmes de développement portent sur l’intégration de données omiques, l’analyse de données longitudinales et le prétraitement des spectres RMN. Elle est membre du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique RFMF).

Intervenants

Sandrine AROS (CEA, Medday), Catherine BENNETAU-PELISSERO (INRA), Bruno DESPREZ (Ets Florimond-Desprez), Philippe HANCE (Université de Lille, Ets Florimond-Desprez), Jean-Louis HILBERT (Université de Lille), Yves LE BOUC (Agence Française de Lutte contre le Dopage), Florence MONDEGUER (IFREMER).

Conception - Réalisation - Production

- Ingénierie pédagogique : Pierre-Marie VRIGNAUD (CNRS, Institut Français de Bioinformatique, Université de Rennes 1)
- Image et post-production : Guillaume LEVEAUX (Université de Rennes 1), Stéphane RASOARAHONA (Université de Rennes 1)
- Infographie et motion design : David BAYA (Université de Rennes 1)
- Administration de production : Delphine CHIEN CHOW CHINE (Université de Rennes 1)
- Ingénierie juridique : Caroline GRAVIER (Université de Rennes 1)
- Pilotage et coordination technique : Ronan LE CORNEC (Université de Rennes 1)

Remerciements

Les étudiants co-concepteurs du cours (Master "Biologie, Agrosciences - Parcours amélioration, production, valorisation du végétal, Université de Rennes 1) :
  • Amélie MORIN,
  • Julien LE MOULLEC,
  • Victor MARIE,
  • Charles TARDIF.

Plan du cours

  • Semaine 1 : LA METABOLOMIQUE : DEFINITION, METHODES ET USAGES

  • Semaine 2 : ACQUERIR DES DONNEES ET UTILISER LES PLATEFORMES

  • Semaine 3 : ANALYSER ET TRAITER L'INFORMATION

  • Semaines 4 & 5 : PRATIQUER LA METABOLOMIQUE

Évaluation

Quiz hebdomadaire en semaines 1, 2 et 3.
En semaine 4 : Quiz, T.P., étude de cas, et synthèse évaluée par les participants. (La semaine 5 comprend essentiellement le temps d'évaluation de 3 synthèses par chaque participant).
Attestation de suivi avec succès délivrée en fin de MOOC sur obtention d’au moins 60% des points. Une mention peut-être apposée à l'attestation :

  • "Excellent" pour un score supérieur ou égal à 90 % des points
  • "Très bien" pour un score supérieur ou égal à 80 % des points
  • "Bien" pour un score supérieur ou égal à 70 % des points.

Partenaires

Organismes et établissements associés

Dédicace

Ce mooc est dédié à Christophe CARON qui fut le moteur et l'animateur de ce projet. Il aura profondément marqué la communauté bioinformatique et notamment l'Institut Français de Bioinformatique, dont il fut pionnier par de nombreuses actions.

Conception et Réalisation pédagogique et technique

Conditions d'utilisation

Conditions d’utilisation du contenu du cours

Droits réservés

Licence restrictive : la production relève de la propriété intellectuelle de son auteur et ne peut donc pas être réutilisée.

Conditions d’utilisation des contenus produits par les participants

Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Pas de Modification

Cette licence autorise une diffusion sans aucune modification des ressources produites avec mention explicite des auteurs.