Modeling of Infectious Diseases

Ce que vous allez apprendre

À la fin de ce cours, vous saurez :

Construire un modèle à l'aide de diagrammes de flux
Identifier comment les organigrammes sont traduits en équations différentielles ordinaires
Reconnaître les techniques pour dériver des formules pour le nombre de reproduction de base, R0, et le nombre de reproduction effectif, R
Identifier les principes d'estimation de R0 et R à partir de données
Reconnaître le modèle SIR
Déterminer comment les interventions de santé publique peuvent être modélisées à l'aide de diagrammes de flux

Description

Nous vivons dans un monde très connecté, où les maladies infectieuses trouvent des opportunités de se propager à l'échelle mondiale comme jamais auparavant dans l'histoire de l'humanité. Cela soulève de nouveaux défis en santé publique pour les épidémiologistes, les médecins et les biologistes, engagés dans la prévention et le traitement des maladies infectieuses. Les modèles mathématiques et informatiques peuvent contribuer à cet effort interdisciplinaire et concerté. Ils peuvent faire des prédictions à court terme sur la progression des épidémies, aider à analyser des scénarios sur l'issue de l'épidémie et informer sur l'impact des interventions de santé publique.

Format

Ce MOOC est composé de 5 chapitres d’enseignement. Chaque chapitre comporte de 1 à 7 séquences. Chaque séquence se compose d’une vidéo de 10 minutes environ et d’un QCM afin que les étudiants testent leurs connaissances. Les vidéos sont en anglais sous-titrées en français et en anglais.

Prérequis

Un bon niveau scientifique est recommandé pour suivre ce MOOC (licence en sciences de la vie).

Evaluation et Certification

Pour suivre ce cours, vous avez le choix entre deux formules :

- Le Parcours Découverte donne accès aux vidéos, aux quiz et aux échanges dans le forum. Ce parcours ne donne pas lieu à la délivrance d'une attestation. L'inscription est gratuite.

- Le Parcours Qualifiant permet d'obtenir un certificat. En complément des activités du Parcours Découverte, vous devrez suivre un examen surveillé à distance d’une durée d'une heure, consistant en 30 questions à choix multiples (QCM) et d'obtenir 18 bonnes réponses. Le prix de l’inscription au parcours qualifiant est de 150€.

La réussite au parcours Qualifiant vous offre l’opportunité de candidater au Diplôme Numérique des Maladies Infectieuses de l'Institut Pasteur (DNM2IP), qui consiste en l’obtention de 5 certificats à des MOOCs de l’Institut Pasteur portant sur les maladies infectieuses. Pour en savoir plus sur ce diplôme, consultez la page web de l'Institut Pasteur, dédiée à ce diplôme.

Plan de cours

- C1-1- Histoire et philosophie de la modélisation mathématique des maladies infectieuses
- C2-1 Compartmental models and flow diagrams
  C2-2 Intervals of interest in infectious diseases
  C2-3 Modeling multiple strains and cross infections
  C2-4 Mixing models and transmission models
  C2-5 How to write a deterministic model based on a flow diagram?
- C3-1 The SIR model: formulation, analysis, discussion
  C3-2 Estimating R - time dependent
  C3-3 A more complete SIR model
  C3-4 SIR versus practice
- C4-1 R0 and R calculation: a general recipe
  C4-2 Example 1: R0 of the SIR model
  C4-3 Example 2: R0 of the SEIR model
  C4-4 Example 3: R0 for a vector-borne disease model
  C4-5 Example 4: R0 for a 2-patch model for HIV
  C4-6 Estimating R0 and R - exponential growth vide
  C4-7 The R0 review
- C5-1 Understanding the effect of interventions
  C5-2 Modeling interventions: A complex example
  C5-3 Interventions: Mask use, prophylaxis, therapy
  C5-4 Interventions: Isolation, quarantine, traffic limitations
  C5-5 All intervention in one model

Équipe pédagogique

Romulus Breban

Catégories

Directeur du MOOC Modeling of Infectious Diseases (MID) Chercheur à l'Institut Pasteur

Pierre-Yves Boëlle

Catégories

Professeur à Sorbonne Université à Paris. Ses recherches ont porté sur la grippe saisonnière, des maladies infantiles et les maladies émergentes.

Thomas Cortier

Catégories

Community Manager - Doctorant dans l’équipe de Modélisation Mathématique des Maladies Infectieuses à l’Institut Pasteur

Antoine BRAULT

Catégories

Community Manager - Postdoctorant dans l'équipe de Modélisation Mathématique des Maladies Infectieuses à l'Institut Pasteur

Établissements

Institut Pasteur

Licence

Licence pour le contenu du cours

Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Pas de Modification

Vous êtes autorisé à :

Partager — copier, distribuer et communiquer le matériel par tous moyens et sous tous formats

Selon les conditions suivantes :

Attribution — Vous devez créditer l'oeuvre, intégrer un lien vers la licence et indiquer si des modifications ont été effectuées à l'oeuvre. Vous devez indiquer ces informations par tous les moyens raisonnables, sans toutefois suggérer que l'offrant vous soutient ou soutient la façon dont vous avez utilisé son oeuvre.
Pas d’Utilisation Commerciale — Vous n'êtes pas autorisé à faire un usage commercial de cette oeuvre, tout ou partie du matériel la composant.
Pas de modifications — Dans le cas où vous effectuez un remix, que vous transformez, ou créez à partir du matériel composant l'oeuvre originale, vous n'êtes pas autorisé à distribuer ou mettre à disposition l'oeuvre modifiée.

Licence pour le contenu créé par les participants du cours

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