À la fin de ce cours, vous saurez :
Il s'agit d'une formation à l'analyse de données NGS (Next Generation Sequencing) de type RNA-seq, principalement à destination des chercheurs travaillant dans le domaine du cancer ayant des recherches impliquant l'analyse de données de séquençage haut débit de type RNAseq (transcriptomique) en population. L'analyse de données de type single cell (en cellule unique) ne sera pas abordé dans ce cours.
La formation a pour objectif de vous permettre d'acquérir les notions théoriques vous permettant une meilleur compréhension de ce que permettent de telles analyses, pour mieux préparer les design expérimentaux de vos recherches. Elle a également pour but de vous initier à la pratique de ce type d'analyse, pour vous permettre de mieux évaluer ce que ce type d'analyse permet et ne permet pas. Pour les personnes disposant de données à analyser, il sera possible d'appliquer les pipeline présentés dans le cours sur vos données, toutefois pour aller plus loins dans l'analyse nous vous invitons à vous rapprocher des bio-informaticiens de vos institutions qui pourront vous aider à appréhender vos résultats.
Cette formation se découpe en un ensemble de vidéos présentant les apports théoriques du cours. Les formateurs vous proposeront également des mises en pratiques sous R et R Studio, que vous pourrez reproduire chez vous sur un jeu de données test, ou sur vos propres données. Des QCM vous permettront de tester votre compréhension du cours. Une FAQ vous donnera les réponses aux questions fréquemment posées.
Cette formation sera ouverte en libre accès et en continu de janvier à décembre 2025, vous permettant de suivre les cours à votre rythme et en toute autonomie. Une inscription sera ainsi possible pendant toute l’année 2025 et vous permettra d’accéder immédiatement au contenu des cours.
Cette formation s'adresse aux chercheurs, principalement biologistes, travaillant dans le domaine du cancer et débutant en bio-informatique.
Aucun prérequis n’est nécessaire : une prise en main du logiciel R Studio et une mise à niveau sur les bases NGS et statistiques sont inclus dans le programme de la formation.
Pendant ces 8 semaines, vous pourrez apprendre les bases des analyses NGS et du traitement des données RNA-seq issues de séquençage. Des exercices pratiques vous permettront d’apprendre à analyser ces données, notamment l’expression différentielle de gènes.
Pour pouvoir reproduire les exercices proposés, votre ordinateur devra idéalement disposer d'un processeur i7 1.90 GHz, 8Go de RAM et 20Go d'espace disque. Il vous faudra installer, dans R Studio, les packages DESEq2, parathyroidSE, debrowser et ggplot2 ainsi que leurs dépendances.Lors du chapitre 2 de cours, l'une des leçons sera dédiée à l'installation de R et R Studio. Vous pourrez ainsi réaliser les analyses proposées dans les chapitres 2 et 4 sur les données test fournies par les formateurs, ou bien encore sur vos propres données.
Cette formation n'est pas certifiante.
A la suite de chacune des leçons, un quizz vous est proposé sous la forme d'un QCM. Il vous permettra d'auto-évaluer votre compréhension des enseignements proposés. Vous disposez de 2 essais pour répondre à chacun des QCM. Le bouton "Enregistrer" vous permet d'enregistrer les réponses que vous souhaitez donner, sans qu'elles soient évaluées. Pour valider vos réponses à un QCM et obtenir une note, vous devez répondre à toutes les questions puis cliquer sur "valider".
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