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La métabolomique : enjeux technologiques et scientifiques

Réf. 136001
CatégorieAgronomie et agricultureCatégorieSciences de la vie
  • Durée : 5 semaines
  • Effort : 20 heures
  • Rythme: ~4 heures/semaine
Aucune session ouverte

Description

usemetabo : le mooc est produit par le Centre National de Recherche Scientifique, l'Institut Français de Bioinformatique , l'Institut National de la Recherche Agronomique , en partenariat avec l'Université de Rennes 1 . Il propose à la communauté francophone de découvrir la métabolomique, une nouvelle démarche scientifique et méthodologique.

Tous les êtres vivants - cellules, animaux, végétaux, champignons - possèdent un métabolisme, c’est-à-dire l’ensemble des réactions biochimiques qui se déroulent en leur sein . La métabolomique s’attache à identifier et à quantifier de façon exhaustive - et non sélective - tous les métabolites d’un système biologique. Issue de l'ère post-génomique et en constante évolution, cette démarche se situe au croisement de la chimie analytique, la bioinformatique, les statistiques et la biologie. Elle s'applique à tous les domaines des Sciences de la Vie : Santé, Biotechnologies, Environnement, Alimentation, Agriculture.

S’appuyant sur des techniques sophistiquées comme la spectrométrie de masse ou la spectrométrie par résonance magnétique nucléaire, la métabolomique apporte des solutions technologiques et offre de nouvelles perspectives scientifiques : un essai clinique sur près de 1000 patients entre 2008 et 2010 a démontré par exemple son efficacité dans le diagnostic précoce et non évasif de certains types de cancer, un horizon très encourageant à moyen terme pour des millions de personnes. La métabolomique fait ainsi émerger de nouveaux horizons économiques et sociétaux majeurs.

  • Vous êtes étudiant de Sciences (Licence ou Master de Biologie, Chimie, Mathématiques, Physique, Informatique, etc.) et vous souhaitez en savoir plus sur la métabolomique ?
  • Vous êtes chercheur, enseignant-chercheur, ingénieur, ou technicien ? Et vous souhaitez vous familiariser avec la métabolomique pour l'intégrer dans votre projet de recherche ?
  • Vous êtes chef d'entreprise ou acteur de l'industrie ? La métabolomique vous interpelle et vous hésitez à faire le pas ?

La maîtrise des concepts, des outils et des méthodologies, et la capacité à intégrer cette démarche dans vos projets constituent un enjeu de formation capital.

20 contributeurs, enseignants et chercheurs, choisissent aujourd'hui de vous accompagner vers les enjeux scientifiques de demain !

Format

Vous prenez part à des activités pédagogiques variées au cours des 5 semaines du mooc : ressources, entraînements, manipulations de logiciels, conseils, discussions, synthèses et ouvertures sur les professions de terrain.

Prérequis

Le mooc usemetabo est totalement ouvert. Il s'adresse à des participants débutants ou confirmés. Des connaissances scientifiques en Biologie, Chimie, Mathématiques, Physique ou Informatique de fin de Licence ou Master sont conseillées pour suivre le cours.

Lectures préparatoires

Afin d'entrer dans la thématique de cours, nous vous proposons la lecture libre de deux articles introductifs :

Lecture 1 : Métabolomique, métabonomique et les préoccupations en matière de sécurité alimentaire et de protection de la santé des consommateurs.

Lecture 2 : Profils suspects sous surveillance.

Evaluation et Certification

Quiz hebdomadaire en semaines 1, 2 et 3.
En semaine 4 : Quiz, T.P., étude de cas, et synthèse évaluée par les participants. (La semaine 5 comprend essentiellement le temps d'évaluation de 3 synthèses par chaque participant).
Attestation de suivi avec succès délivrée en fin de MOOC sur obtention d’au moins 60% des points. Une mention peut-être apposée à l'attestation :

"Excellent" pour un score supérieur ou égal à 90 % des points

"Très bien" pour un score supérieur ou égal à 80 % des points

"Bien" pour un score supérieur ou égal à 70 % des points.

Plan de cours

  • Semaine 1 : LA METABOLOMIQUE : DEFINITION, METHODES ET USAGES

  • Semaine 2 : ACQUERIR DES DONNEES ET UTILISER LES PLATEFORMES

  • Semaine 3 : ANALYSER ET TRAITER L'INFORMATION

  • Semaines 4 & 5 : PRATIQUER LA METABOLOMIQUE

Sessions de cours

Archivé

  • Du 1 octobre 2018 au 3 décembre 2018

Équipe pédagogique

SERGE AKOKA

Catégories

Enseignant-chercheur à l’Université de Nantes

Julien Boccard

Catégories

Collaborateur scientifique au sein du laboratoire des Sciences Analytiques de l’Université de Genève.

ALAIN BOUCHEREAU

Catégories

Professeur à l'Université de Rennes 1

FRÉDÉRIQUE COURANT

Catégories

Enseignant-chercheur à l'Université de Montpellier

CATHERINE DEBORDE

Catégories

Ingénieur de recherche INRA

Patrick Giraudeau

Catégories

Enseignant-chercheur à l'Université de Nantes

BERNADETTE GOVAERTS

Catégories

Enseignante et chercheur en (bio)statistique à l’Université Catholique

YANN GUITTON

Catégories

Ingénieur de recherche au LABERCA à Nantes

FABIEN JOURDAN

Catégories

Directeur de recherche INRA

BRUNO LE BIZEC

Catégories

Professeur à l'Ecole Nationale Vétérinaire de Nantes et directeur du LABERCA, Unité mixte de recherche Oniris/INRA

ALAIN PARIS

Catégories

Professeur de métabolomique au Muséum national d’Histoire naturelle

DOMINIQUE ROLIN

Catégories

Professeur à l'Université de Bordeaux et professeur invité à l'Université de Tsukuba

ETIENNE THEVENOT

Catégories

Chercheur au CEA à Saclay

MARIE TREMBLAY-FRANCO

Catégories

Titulaire d’un doctorat en Statistiques

DANIEL JACOB

Catégories

Ingénieur de recherche INRA

Établissements

Centre national de la recherche scientifique (CNRS)

Intervenants

Sandrine AROS

CEA, Medday

Catherine BENNETAU-PELISSERO

INRA

Bruno DESPREZ

Ets Florimond-Desprez

Philippe HANCE

Université de Lille, Ets Florimond-Desprez

Jean-Louis HILBERT

Université de Lille

Yves LE BOUC

Agence Française de Lutte contre le Dopage

Florence MONDEGUER

IFREMER

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https://twitter.com/rfmf_official

Partenaires

Centre National de la Recherche Scientifique Institut Français de Bioinformatique Institut National de la Recherche Agronomique Université de Rennes 1 Infrastructure Nationale de Métabolomique et Fluxomique Réseau Francophone de Métabolomique et de Fluxomique

Organismes et établissements associés

Commissariat à l'énergie atomique (CEA) Laboratoire d'Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (LABERCA) Museum National d'Histoire Naturelle (MNHN) Ecole Nationale Vétérinaire, Agroalimentaire et de l’Alimentation (Oniris) Université de Bordeaux Université catholique de Louvain Université de Genève Université de Montpellier Université de Nantes

Dédicace

Ce mooc est dédié à Christophe CARON qui fut le moteur et l'animateur de ce projet. Il aura profondément marqué la communauté bioinformatique et notamment l'Institut Français de Bioinformatique, dont il fut pionnier par de nombreuses actions.

Conception et Réalisation pédagogique et technique

Service universitaire de pédagogie et des TICE de l'université de Rennes 1

Licence

Licence pour le contenu du cours

Tous droits réservés

"Tous droits réservés" est une formalité du droit d'auteur indiquant que le détenteur du droit d'auteur se réserve, ou détient pour son propre usage, tous les droits prévus par la loi sur le droit d'auteur.

Licence pour le contenu créé par les participants du cours

Attribution - Pas d’Utilisation Commerciale - Pas de Modification

Vous êtes autorisé à :

  • Partager — copier, distribuer et communiquer le matériel par tous moyens et sous tous formats

Selon les conditions suivantes :

  • Attribution — Vous devez créditer l'oeuvre, intégrer un lien vers la licence et indiquer si des modifications ont été effectuées à l'oeuvre. Vous devez indiquer ces informations par tous les moyens raisonnables, sans toutefois suggérer que l'offrant vous soutient ou soutient la façon dont vous avez utilisé son oeuvre.
  • Pas d’Utilisation Commerciale — Vous n'êtes pas autorisé à faire un usage commercial de cette oeuvre, tout ou partie du matériel la composant.
  • ​​​​​​​Pas de modifications — Dans le cas où vous effectuez un remix, que vous transformez, ou créez à partir du matériel composant l'oeuvre originale, vous n'êtes pas autorisé à distribuer ou mettre à disposition l'oeuvre modifiée.
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