• End of Registration
  • apr 10 2020
  • Classes Start
  • feb 17 2020
  • Classes End
  • apr 30 2020
  • Certification
  • Get a certificate for 150 €
  • Estimated Effort
  • 02:00 h/week
  • Language
  • English

About this MOOC/ À propos de ce MOOC

Emerging and re-emerging viruses are key players among the different pathogens that have caused recent epidemics, as attested by several severe outbreaks affecting humans such as Ebola, chikungunya, influenza, Zika, dengue, SARS and MERS or outbreaks affecting animals such as rabies and bluetongue disease.
This MOOC aims to provide a fundamental knowledge about the different viruses that are involved in viral emergence and describes the associated molecular mechanisms and conditions that drive their emergence. Those range from mutations to climate change, the impact of urbanization to alterations in human behaviour.

Special attention will be given to the global “One Health” approach. The MOOC will also provide basic insights on viral epidemiology and outbreak modelling as well as on detection, early management and infection control mechanisms. It will focus on the scientific and medical measures to prevent and counteract the emergence or re-emergence of viruses, but it will also envision the response of governments and agencies such as the World Health Organization (WHO) to encounter the worldwide viral dissemination.
The MOOC is built up on the profound expertise from international experts in the field of emerging and re-emerging viruses and takes advantage of the worldwide Institut Pasteur Network.

Les virus émergents, et ré-émergents constituent un élément majeur parmi les différents agents pathogènes responsables d’épidémies récentes, comme en témoignent les nombreux épisodes récents d’Ebola, chikungunya, grippe, Zika, dengue, SARS ou MERS, ainsi que les épisodes affectant les animaux tels la rage ou la fièvre catarrhale ovine.
Le présent MOOC présente les différents virus impliqués dans l’émergence virale, et décrit les mécanismes moléculaires et conditions responsables d’une telle émergence. Ceux-ci s’étendent tant à l’apparition de mutations qu’aux conséquences des changements climatiques, jusqu’à l’impact de l’urbanisation et des changements d’activités et de comportements humains.

Une mention spéciale sera faite sur l’approche “Santé Globale” (“One Health”). Ce MOOC fournira également des bases d’épidémiologie virale et de modélisation des épidémies, ainsi que sur la détection, les mesures sanitaires précoces et les mécanismes de contrôle des épidémies. Il portera également sur les stratégies scientifiques et médicales pour prévenir et lutter contre l’émergence virale, et apportera une vision sur la réponse des gouvernements et agences internationales, telle l’Organisation Mondiale de la Santé (O.M.S.), pour contrer et maîtriser les épidémies.
Ce MOOC s’appuie sur l’expérience reconnue d’experts internationaux dans le domaine et les activités du Réseau International des Instituts Pasteur.

Enrollement types/Formules d'inscription

To follow this course, you have the choice between two formulas: DISCOVERY formula which will allow you to familiarize yourself with the subject thanks to videos, quizzes and access to forums and QUALIFYING formula in which you can acquire skills and deep knowledge on the subjects.

Discovery path


If you opt for this formula, you will have access to the videos of the course, the quizzes and the exchanges in the forums. This route will not give rise to the issue of a certificate. Registrations are possible now and are not subject to any conditions.This registration is free.

Qualifying path

  • In addition to the activities offered in the DISCOVERY formula, the QUALIFYING formula will allow you to obtain a certificate in the form of a "certificate". To do this, you will have to take a final individual exam, monitored remotely, lasting 1 hour, consisting of 30 multiple choice questions (MCQ) and obtaining 20 correct answers. You will also have access to hangouts.

  • The registration fee for the qualifying course is 150€.

  • Obtaining a qualifying certification is an opportunity for you to obtain a diploma. This course is one of the MOOCs of the Institut Pasteur's Digital Diploma in Infectious Diseases program (DNM2IP). For more information, see the Institut Pasteur web page, dedicated to this new diploma.



Pour suivre ce cours, vous avez le choix entre deux formules : formule DECOUVERTE qui vous permettra de vous familiariser avec le sujet grâce aux vidéos, quiz et accès aux forums et formule QUALIFIANTE dans laquelle vous pourrez acquérir un certificat.

Parcours Découverte


Si vous optez pour cette formule, vous aurez accès aux vidéos du cours, aux quiz et aux échanges dans les forums. Ce parcours ne donnera pas lieu à la délivrance d'une attestation. Les inscriptions, gratuites, sont possibles dès à présent et ne sont soumises à aucune condition.

Parcours Qualifiant

  • En complément des activités proposées dans la formule DECOUVERTE, la formule QUALIFIANTE vous permettra d'obtenir une attestation sous la forme d'un "certificat". Pour cela, vous devrez suivre un examen individuel final surveillé à distance d’une durée de 1 heure, consistant en 30 questions à choix multiples (QCM) et d'obtenir 20 bonnes réponses. Vous aurez également accès à des hangouts.

  • Le prix de l’inscription au parcours qualifiant est de 150€.

  • Obtenir une certification qualifiante est une opportunité pour vous d'obtenir un diplôme. En effet, ce cours est un des MOOCs du programme du Diplôme Numérique des Maladies Infectieuses de l'Institut Pasteur (DNM2IP). Pour en savoir plus, consultez la page web de l'Institut Pasteur, dédiée à ce nouveau diplôme.

Certificate and attestation of follow-up / Certificat et attestation de suivi

Please note, only the "Qualifying" formula gives the right to a qualifying certification issued by Fun and the Institut Pasteur. In addition, there will be no certificate of successful follow-up, neither for the "Discovery" formula, nor for the "Qualifying" formula.

Attention, seule la formule "Qualifiante" donne droit à une certification qualifiante délivrée par Fun et l'institut Pasteur. Par ailleurs, il n'y aura pas d'attestation de suivi avec succès, ni pour la formule "Découverte", ni pour la formule "Qualifiante".

MOOC Format/Format du MOOC

This MOOC is organized in 7 chapters of 4 to 8 sessions each. Each session includes a short video and 2 multiple choice questions in english to help you test your understanding. There are 10 to 16 multiple choice questions at the end of each chapter. A certification exam (in English) is accessible only for students registered to the “qualifying path”. The videos are in English, subtitles in English and French are provided.

Le MOOC est divisé en 7 chapitres de 4 à 8 sessions. Chaque session comporte une courte vidéo et 2 questions à choix multiple pour tester votre compréhension de la session. A la fin de chaque chapitre, 10 à 16 questions à choix multiple (en anglais) vous seront posées. Un examen de certification (en anglais) est proposé aux étudiants inscrits au parcours Qualifiant. Les vidéos sont en anglais, sous-titrées en anglais et en français.

Target audience/Public ciblé

This MOOC aims to reach anybody who wishes to learn more about emerging viruses and pandemics, whether scientist, medical doctor or other health workers, staff of governmental and non-governmental agencies or students in life sciences.

Ce MOOC est destiné à toute personne souhaitant approfondir ses connaissances sur les virus émergents et les épidémies, scientifiques, médecins et autres personnels de santé, personnels des agences gouvernementales et non gouvernementales, étudiants des sciences de la vie.

Requirements /Pré-requis

We recommend a good scientific background (such as a bachelor of life science)./ Un bon niveau scientifique est recommandé pour suivre ce MOOC (licence en sciences de la vie).

Course Staff

Jean-Pierre Vartanian

Jean-Pierre Vartanian

Jean-Pierre Vartanian is Associate Professor at Institut Pasteur (Molecular Retrovirology Unit). He is the co-director of the Fundamental Virology course at the Institut Pasteur. His work is focused on identifying restriction factors involved in viral replication and the role of cellular RNA/DNA editing enzymes with antiviral activity against a range of human pathogens.

Jean-Pierre Vartanian est Directeur de Recherche à l’Institut Pasteur dans l’Unité de Rétrovirologie Moléculaire. Il est le co-directeur du cours de Virologie Fondamentale à l’Institut Pasteur. Ses principaux travaux de recherche s’orientent vers l’identification de nouveaux facteurs de restriction agissant sur la réplication virale et sur le rôle des enzymes mutagènes de l’ARN et de l’ADN ayant un rôle antiviral sur des pathogènes humains.

Pierre-Emmanuel Ceccaldi

Pierre-Emmanuel Ceccaldi

Pierre-Emmanuel Ceccaldi is Professor at Université de Paris and Team Leader in the Epidemiology and Pathophysiology of Oncogenic Viruses Unit, Institut Pasteur. He is the co-director of the Fundamental Virology course at the Institut Pasteur. His work is focused on the interactions of different viruses with host barriers (blood-brain barrier, intestinal barrier…), and neuromuscular system.

Pierre-Emmanuel Ceccaldi est Professeur à l’Université de Paris et chef de Groupe dans l’Unité Epidémiologie et Physiopathologie des Virus Oncogènes, Institut Pasteur. Il est le co-directeur du cours de Virologie Fondamentale à l’Institut Pasteur. Ses principaux travaux de recherche s’orientent l’étude des interactions de différents virus avec les barrières de l’hôte (barrière hémato-encéphalique, barrière intestinale...) ainsi qu’avec le système neuromusculaire.

Hilde Angermeier

Hilde Angermeier

Hilde Angermeier is a microbiologist and post-doctoral fellow within the European Public Health Microbiology training program (EUPHEM) of the European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). She is based for these two years at Institut Pasteur in Paris, France, where she is involved in different surveillance, public health microbiology research, laboratory and outbreak investigation, biorisk and quality management as well as teaching projects. Her ongoing projects involve the characterization of novel Yersinia species, seroprevalence studies on Hantaviruses and Leptospira, the genomic investigation of a recurrent Salmonella outbreak in France as well as the evaluation of the performance of rabies diagnostic tests in the frame of the quality management system present in the National Reference Center (NRC) for rabies. In addition, she has been involved in teaching during a workshop on rabies diagnostic techniques in Zimbabwe and in the development of massive open-online courses (MOOCs) of the Institut Pasteur.

Hilde Angermeier est microbiologiste et boursière postdoctorale au sein du programme de formation en microbiologie de la santé publique européenne (EUPHEM) du Centre Européen de Prévention et de Contrôle des Maladies (ECDC). Pendant ces deux années à l'Institut Pasteur à Paris, France, elle est impliquée dans différents projets de surveillance, de recherche en microbiologie de santé publique, d'investigation de laboratoire et d'épidémies, de gestion des risques biologiques et de la qualité ainsi que d'enseignement. Ses projets en cours comprennent la caractérisation de nouvelles espèces de Yersinia, des études de séroprévalence sur les Hantavirus et les Leptospira, l'étude génomique d'une épidémie récurrente de Salmonella en France ainsi que l'évaluation de la performance des tests de diagnostic de la rage dans le cadre du système de gestion de la qualité du Centre National de Référence (CNR) de la rage. De plus, elle a été impliquée dans l'enseignement lors d'un atelier sur les techniques de diagnostic de la rage au Zimbabwe et dans le développement de cours en ligne (MOOCs) de l'Institut Pasteur.

With the participation of /Avec la participation de

Norbert Becker (Heidelberg), Hervé Bourhy (Institut Pasteur), Benjamin Brennan (Glasgow), Simon Cauchemez (Institut Pasteur), Etienne Decroly (AFMB Polytech), Esteban Domingo (Madrid), Marc Eloit (Institut Pasteur), Luis Enjuanes (Madrid), Anna-Bella Failloux (Institut Pasteur), Claudia Filippone (Institut Pasteur), Marie Flamand (Institut Pasteur), Arnaud Fontanet (Institut Pasteur), Antoine Gessain (Institut Pasteur), Tamara Giles-Vernick (Institut Pasteur), Pascal Handschumacher (UNISTRA), Didier Houssin (APHP), Nolwenn Jouvenet (Institut Pasteur), Marie-Paule Kieny (Inserm), Jean-Claude Manuguerra (Institut Pasteur), Birgit Nikolai (Institut Pasteur), Harold Noël (Santé Publique France), Albert Osterhaus (…), Nicole Pavio (ANSES), Christophe Peyrefitte (Institut Pasteur Dakar), Carla Saleh (Institut Pasteur), Frédéric Tangy (Institut Pasteur), Noël Tordo (Institut Pasteur), Sylvie van der Werf (Institut Pasteur), Jessica Vanhomwegen (Institut Pasteur), Damien Vitour (ANSES)

Course syllabus /plan du cours

Chapter 1 – Introduction/Introduction

  • W1-1: General Introduction / Introduction générale (Albert Osterhaus, Amsterdam)
  • W1-2: Definition: Emerging and re-emerging / Définitions : émergents et ré-emergents (Antoine Gessain, Institut Pasteur)
  • W1-3 : Principles : Vectors, Hosts, Reservoirs… / Principes : vecteurs, hôtes, réservoirs... (Anna-Bella Failloux, Institut Pasteur)
  • W1-4: One Health / Santé globale (Hervé Bourhy, Institut Pasteur)

Chapter 2 – Molecular mechanisms that drive viruses to be emerging or re-emerging /Mécanismes moléculaires qui conduisent à l’émergence ou la ré-émergence d’un virus /

  • W2-1 : Newly identified viruses /Nouveaux virus identifiés (Marc Eloit, Institut Pasteur)
  • W2-2 : Avian Influenza /La grippe aviaire (Jean-Claude Manuguerra, Institut Pasteur)
  • W2-3: Previously known viruses that acquired additional virulence traits: Influenza viruses 1 and 2 / Virus précédemment connus qui ont acquis des caractères de virulence supplémentaires: virus grippaux 1 et 2 (Sylvie van der Werf, Institut Pasteur)
  • W2-4: Control of the host on the virus Contrôle de l'hôte sur le virus (Carla Saleh, Institut Pasteur)

Chapter 3 – Conditions that favor emergence or re-emergence of viruses/Conditions qui favorisent l’émergence ou la ré-émergence d’un virus

  • W3-1: Changes in urbanization, human behavior / Changements dans l'urbanisation, le comportement humain (Pascal Handschumacher UNISTRA)
  • W3-2: Changes in Climate, deforestation, Natural disasters Changements climatiques, déforestation, catastrophes naturelles (Joacim Rocklöv (Université d’Umea, Sweden)
  • W3-3 : Coronavirus : SARS, MERS-CoV Coronavirus : SARS, MERS-CoV (Luis Enjuanes, Madrid)
  • W3-4: Yellow Fever Fièvre jaune (Nolween Jouvenet, Institut Pasteur)
  • W3-5: Hantavirus and Lassa Fever Hantavirus et fièvre de Lassa (Noel Tordo, Institut Pasteur)
  • W3-6: Human-nonhuman primate contact as a driver of viral emergence Le contact humain-non humain avec les primates comme moteur de l'émergence virale (Tamara Gilles-Vernick)
  • W3-7: A 20 year experience of Bluetongue circulation in Europe / Une expérience de 20 ans de la circulation de la fièvre catarrhale du mouton en Europe (Damien Vitour)

Chapter 4 – One health/ Santé globale

  • W4-1: Bornavirus diseases / Maladies à Bornavirus (Hilde Angermeier, Institut Pasteur EUPHEM)
  • W4-2: Nipah Virus / le virus Nipah (Birgit Nikolai)
  • W4-3: Dengue / La Dengue (Marie Flamand, Institut Pasteur)
  • W4-4: Rift valley fever / La fièvre de la vallée du Rift (Benjamin Brennan, Glascow)
  • W4-5: Crimean-Congo virus / Virus Crimée-Congo (Claudia Filippone, Institut Pasteur Madagascar)
  • W4-6: Hepatitis E / L'hépatite E (Nicole Pavio, ANSES Maisons-Alfort)

Chapter 5 : Epidemiology and Modelling / Epidémiologie et modélisations

  • W5-1: Phylogeny and viruses/ Phylogénie et virus (Noël Tordo, Institut Pasteur)
  • W5-2: Epidemiology of Zika / L'épidémiologie de Zika (Arnaud Fontanet, Institut Pasteur)
  • W5-3: Epidemiology of Hepatitis C in Egypt / L'épidémiologie de l'hépatite C en Egypte (Arnaud Fontanet, Institut Pasteur)
  • W5-4: Ebola virus outbreak: From the field to the lab / Épidémie de virus Ebola: du terrain au laboratoire(Christophe Peyrefitte, Institut Pasteur Dakar)
  • W5-5: Quasispecies and viruses / Quasi-Espèces et virus (Esteban Domingo, Madrid)
  • W5-6: Modelling the epidemiology of viral infection / Modélisation de l'épidémiologie de l'infection virale (Simon Cauchemez, Institut Pasteur)

Chapter 6 : Detection, Early management and infection control/Détection, prise en charge et contrôle de l’infection

  • W6-1 : Surveillance of vectors / Surveillance des vecteurs (Norbert Becker, Heidelberg)
  • W6-2 : Surveillance of viral diseases / Surveillance des maladies virales(Harold Noël, Santé Publique France)
  • W6-3 : Molecular epidemiology / Epidémiologie moléculaire (Antoine Gessain, Institut Pasteur)
  • W6-4 : CIBU and Arboviruses / CIBU et Arbovirus (Jessica Vanhomwegen, Institut Pasteur)

Chapter 7 : Prevention and response/Prévention et réponse aux virus émergents

  • EMV W7-1: Vector control activities / Activités de contrôle des vecteurs (Norbert Becker, Heidelberg)
  • W7-2: Bioterrorism lessons from the past and Orthopoxvirus Antiviral strategy approach / Enseignements tirés du bioterrorisme du passé et approche stratégique des antiviraux à orthopoxvirus (Christophe Peyrefitte, Institut Pasteur Dakar)
  • W7-3: Preparedness / Préparation (Marie-Paule Kieny, Inserm)
  • W7-4: Example: OITF of IP / Un exemple : OITF de l'IP(Eileen Farnon/Amber Kunkel/Jean-Claude Manuguerra)
  • W7-5: Public health response: from science to politics / Action de santé publique: de la science à la politique (Didier Houssin, DGS)
  • W7-6: Vaccines / Vaccins (Frédéric Tangy, Institut Pasteur)
  • W7-7: Therapeutics/ Therapeutique (Etienne Decroly, AFMB Polytech, Luminy)
  • W7-8: WHO list of blueprint priority diseases / Liste OMS des maladies prioritaires (Marie-Paule Kieny, WHO)

Frequently Asked Questions

What web browser should I use?

The Open edX platform works best with current versions of Chrome and Firefox.

This MOOC was created by the Education Department of the Institut Pasteur.

This MOOC was realized with the support of the Fondation IPSEN, under the eagis of Fondation de France.

This MOOC was realized with the support of the LaBex IBEID.

Conditions d'utilisation / Terms of use

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