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  • Inscription close
  • Début du Cours
  • 01 oct 2018
  • Fin du cours
  • 02 déc 2018
  • Effort estimé
  • 6 à 8 h/semaine
  • Langue
  • Français

À propos du cours

Peut-on estimer la composition chimique d'un échantillon en quelques secondes et sans le toucher ? Identifier son origine ? Oui ! C'est possible, en réalisant l'acquisition d'un spectre de l'échantillon et son traitement avec des outils de chimiométrie.

Chemoocs est destiné à vous rendre autonome en chimiométrie. Mais le contenu est dense! C'est pourquoi le mooc a été divisé en deux chapitres. Le présent chapitre, le premier, porte sur les méthodes non supervisées. Vous aurez quelques mois pour assimiler son contenu. Ensuite, le second chapitre, pour lequel il faudra vous re-inscrire sur FUN, portera sur les méthodes supervisées et la validation de méthodes analytiques. Le teaser ci-dessus donne plus de détails sur le contenu.

Chemoocs est orienté vers les applications de spectrométrie proche infrarouge, les plus répandues. Toutefois, la chimiométrie est ouverte à d'autres domaines spectraux : moyen infrarouge, ultraviolet, visible, fluorescence ou Raman, ainsi qu'à bien d'autres applications non spectrales. Donc pourquoi pas dans votre domaine ?

Vous appliquerez vos connaissances en réalisant nos exercices d'application grâce au logiciel ChemFlow, gratuit et accessible via un simple navigateur internet depuis un ordinateur ou un smartphone. ChemFlow a été concu pour être aussi convivial et intuitif que possible. Ainsi, il ne nécessite aucune connaissance en programmation.

A la fin de ce mooc, vous aurez acquis le savoir-faire nécessaire pour traiter vos propres données.

Bienvenue dans le monde fascinant de la chimiométrie.

Public

Ce mooc s'adresse aux personnes pour lesquelles les mots « spectroscopie », « chimiométrie » ou « analyse de données multivariées » sont déjà connus et suscitent un intérêt; qu'elles soient :
- étudiants, pour une remise à niveau avant leur entrée en master ou en thèse impliquant la chimiométrie;
- étudiants en mathématiques intéressés par des applications pratiques à l'algèbre matricielle;
- stagiaires, niveau master/ingénieur, ou étudiants en thèse, ayant besoin d'utiliser ponctuellement des outils de chimiométrie;
- techniciens utilisateurs de spectromètres, souhaitant mieux comprendre les traitements de leurs données;
- ingénieurs ou chercheurs développant des méthodes rapides d'analyse, au laboratoire comme sur le terrain.

Format

La durée totale de ce chapitre est de 6 semaines: une semaine d'introduction suivie de 5 semaines de cours.

Vous découvrirez deux méthodes de chimiométrie par semaine.
Le cours est proposé sous la forme de vidéos, repris dans un fichier pdf détaillé.
Pour chacune des méthodes présentées vous pourrez :
- tester vos connaissances avec un quiz ;
- les mettre en application avec un exercice en utilisant ChemFlow ou votre propre outil de chimiométrie .

Plan du cours

  • Semaine 0 :
  • - Présentation du mooc
    - Prise en main de la plateforme FUN
    - Découverte du logiciel ChemFlow
    - Introduction à la chimiométrie avec quelques définitions

  • Semaine 1 :
  • - Statistiques simples
    - ACP (1/2)

  • Semaine 2 :
  • - ACP (2/2)
    - Prétraitements (1/2)

  • Semaine 3 :
  • - Classification non supervisée
    - Prétraitements (2/2)

  • Semaine 4 :
  • - Décomposition spectrale (démélange)
    - Analyse en composantes indépendantes

  • Semaine 5 :
  • - Multitableaux

Prérequis

  • être francophone : le mooc est en Français, toutefois le logiciel ChemFlow est accessible en Français et en Anglais
  • niveau Bac+2 en sciences ou déjà une expérience pratique en spectroscopie ou chimiométrie
  • Évaluation

    L'attestation de suivi avec succès sera délivrée à toute personne ayant une note supérieure à 50 sur 100.
    L'évaluation se fera par des quiz à l'issue de chaque grain (30% de la note finale) et par un exercice de mise en application de plusieurs méthodes évoquées dans le mooc (70% de la note finale).


    Équipe pédagogique

    L'ensemble des contributeurs à Chemoocs est présenté par ordre alphabétique. Si vous ne voyez pas certains d'entre eux dans ce chapitre, vous les verrez dans le chapitre suivant!

    Dominique BERTRAND

    Ancien directeur de recherche à l'INRA, actuellement à la retraite. Dominique Bertrand est l'auteur de publications et d'ouvrages sur la spectroscopie infrarouge et la chimiométrie. Il est aujourd'hui consultant en chimiométrie et datascience.

    Julien BOCCARD

    Collaborateur scientifique au sein du laboratoire des Sciences Analytiques de l’Université de Genève. Julien Boccard développe des outils associant chimiométrie et bioinformatique pour l'analyse et l’intégration des données métabolomiques.

    Jean-Claude BOULET

    Ingénieur de recherche à l'INRA de Montpellier, UMR1083 Sciences Pour l'Oenologie. Jean-Claude Boulet est responsable de la chimiométrie pour la plateforme Polyphénols. Il est porteur du projet CheMoocs.

    Philippe COURCOUX

    Maître de conférences en Statistique et Informatique à ONIRIS Nantes. Philippe Courcoux travaille sur le développement de méthodes multidimensionnelles en sensométrie et chimiométrie.

    Marjolaine DESCHAMPS

    Ingénieur de recherche à l'INRA de Versailles-Grignon, UMR1402 ECOSYS, pôle Science du Sol. Marjolaine Deschamps développe et coordonne des analyses de contaminants organiques dans des matrices environnementales. Elle utilise notamment les plans d'expérience et est membre du groupe de travail INRA sur la validation des méthodes d'analyses.

    Ludovic DUPONCHEL

    Professeur à l'Université de Lille, rattaché au Laboratoire de Spectrochimie Infrarouge et Raman, UMR CNRS 8516. Ludovic Duponchel est physico-chimiste de formation. Il est Président du Groupe Français de Chimiométrie - GFC.

    Martin ECARNOT

    Ingéneur d'études à l'INRA de Montpellier, UMR1334 AGAP, équipe Ge²Pop. Martin Ecarnot developpe des méthodes de phénotypage par spectrométrie proche infrarouge et imagerie hyperspectrale sur du matériel végétal.

    Amandine ETAYO

    Ingénieur d’étude à l’INRA, au Laboratoire d’Analyses des Sols d’Arras. Amandine Etayo est chimiste et responsable qualité dans un contexte d’accréditation. Elle applique la spectroscopie proche infrarouge à la matrice « sol ». Elle est membre du groupe de travail INRA sur la validation des méthodes d'analyses et du réseau INRA « proche infrarouge».

    Max FEINBERG

    Ancien directeur de recherche à l’INRA à la retraite. Max Feinberg fut un initiateur de la chimiométrie en France à la fin des années 70. Il est l’auteur de nombreuses publications et ouvrages de référence sur la validation de méthodes d'analyse, et reste impliqué comme expert dans des commissions AFNOR et ISO.

    Fabien GOGE

    Ingénieur à IRSTEA de Montpellier, à l'UMR ITAP. Fabien Gogé est chimiométricien et développeur d'applications de traitements de données scientifiques. Il a participé au développement de ChemFlow.

    Mohamed HANAFI

    Chercheur en statistique appliquée à ONIRIS Nantes. Mohamed Hanafi axe ses activités de recherche sur les plans théoriques et pratiques autour de l’analyse de données structurées en blocs.

    Benoît JAILLAIS

    Ingénieur de recherche à l’INRA de Nantes, Unité Sensométrie Chimiométrie. Benoît Jaillais développe des méthodes chimiométriques pour extraire l’information de collections d’images en s’appuyant sur des méthodes multiblocs.

    Anne JAULIN

    Ingénieur d'études à l'INRA de Versailles, UMR1402 Ecosys, pôle Ecotoxicologie. Anne Jaulin est membre du groupe de travail INRA sur la validation des méthodes, et est chargée de mission qualité pour le département INRA Environnement et Agronomie.

    Eric LATRILLE

    Ingénieur de recherche à l'INRA au Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement à Narbonne. Eric Latrille développe des applications de traitements de données scientifiques. Il a participé au développement de ChemFlow.

    Christophe LEBEGUE

    Responsable formation SupAgro INRA à Montpellier. Christophe Lebègue est spécialiste en ingénierie de formation et pédagogie.

    Sébastien PREYS

    Docteur en chimiométrie et ingénieur agroalimentaire. Sébastien Preys est chef de projets au sein d'Ondalys, structure privée basée à Montpellier qui propose depuis 15 ans des services, études et formations en chimiométrie pour l'ensemble des filières industrielles.

    Christelle REYNES

    Ingénieur agronome et maître de conférences en biostatistiques à l'Université de Montpellier, rattachée à l'Institut de Génomique Fonctionnelle. Christelle Reynes developpe des méthodes d'analyse de données en grande dimension, notamment de sélection de variables pour l'identification de biomarqueurs.

    Jean-Michel ROGER

    Ingénieur IPEF à IRSTEA de Montpellier, UMR ITAP. Jean-Michel Roger est spécialiste en robustesse des étalonnages. Il est membre du GFC et de l’International Council for Near Infrared Spectroscopy, lauréat du prix Tomas Hirschfeld 2016. Il est porteur du projet CheMoocs.

    Virginie ROSSARD

    Assistant Ingénieur à l'INRA au Laboratoire de Biotechnologie de l'Environnement à Narbonne. Virginie Rossard développe des applications et base de données de logiciels scientifiques. Elle a participé au développement de ChemFlow.

    Serge RUDAZ

    Docteur en pharmacie. Serge Rudaz développe de nouvelles stratégies analytiques pour les sciences pharmaceutiques. Promu professeur Associé en 2012, il dirige le groupe d’Analyse Biomédicale et Métabolomique (ABM) à l’Université de Genève.

    Douglas RUTLEDGE

    Professeur de Chimie Analytique à AgroParisTech. Douglas Rutledge enseigne la spectroscopie et la chimiométrie. Il travaille actuellement sur l'Analyse en Composantes Indépendantes et les méthodes multiblocs appliquées à la caractérisation des aliments.

    Robert SABATIER

    Professeur de Statistique à l'Université Montpellier. Robert Sabatier travaille sur des domaines de recherche concernant : l'analyse multivariée, les multiblocs, les algorithmes génétiques ainsi que le choix des variables.

    Cécile TRéDANIEL

    Ingénieur pédagogique à l'INRA de Montpellier. Cécile Trédaniel est spécialisée dans la coordination de projets coopératifs.

    Myrtille VIVIEN

    Maître de conférences en Statistique à l'Université de Montpellier. Myrtille Vivien travaille sur le développement de méthodes factorielles pour l'analyse et la modélisation des multiblocs.

    Partenaires

    Ce mooc a été financé par :

    2015-2016: une aide de l'Agence Nationale de la Recherche, programme "Investissement d'avenir", référence ANR-10-LABX-001-01 Labex Agro, coordonnée par Agropolis Fondation, ayant permis la construction et la première édition du mooc.

    2017-2018: une aide de l'INRA, coordonnée par la Formation Permanente, ayant permis les deuxième et troisième éditions.

    Conditions d'utilisation

    Conditions d’utilisation du contenu du cours

    L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur et peut réutiliser le contenu sous condition de partage sous les mêmes conditions.

    Licence Creative Commons

    Conditions d’utilisation des contenus produits par les participants

    Cette licence permet aux autres de remixer, arranger, et adapter votre œuvre à des fins non commerciales tant qu’on vous crédite en citant votre nom et que les nouvelles œuvres sont diffusées selon les mêmes conditions.