Enrollment is closed
  • End of Registration
  • Registration closed
  • Classes Start
  • oct 19 2015
  • Classes End
  • dec 06 2015
  • Estimated Effort
  • 03:00 h/week
  • Language
  • French

A propos du cours


Ce MOOC a pour objectif de donner aux chercheurs, professionnels de la recherche en santé et sciences du vivant et futurs chercheurs français et francophones les éléments nécessaires pour s'adapter à l’évolution des pratiques de recherche en santé (de la gestion à la communication et à la diffusion de ressources scientifiques) et leur permettre de prendre en main les outils numériques associés. Il permettra en outre de saisir certains nouveaux enjeux technologiques, sociaux, juridiques, éthiques tels que le libre accès à la publication scientifique, le partage de données scientifiques ainsi que les changements de méthodologies que le numérique peut introduire dans les pratiques de recherche (data driven research, recherche participative).
Aussi, chaque séance fera appel à une diversité d’experts (chercheurs, ingénieurs de recherche, bibliothécaires, médecins, juristes etc.) pour apporter un éclairage sur les enjeux de ces nouveaux usages. Des screencasts proposeront des retours d'expérience de chercheurs et permettront de découvrir ainsi un ensemble d’outils numériques open source utilisés en recherche (logiciel R, Zotero, Github, Python).
 Les échanges entre participants et intervenants de ce MOOC et les réflexions générées dans ce cadre constitueront une source importante, une matière vive, qui viendra nourrir la pratique. Il sera aussi question pour chaque participant de se questionner sur ses propres pratiques et de construire au fil du MOOC des objectifs concrets pour les faire évoluer.


L'équipe pédagogique


Célya Gruson-Daniel, coordination générale, directrice du Mooc.


Célya Gruson-Daniel est ingénieure de recherche responsable des technologies de l’information et de la communication au sein du Centre Virchow-Villermé Paris-Berlin. 
Elle coordonne et pilote l’activité de production des MOOC et contribue à l’animation de l’activité de recherche en Open Science et Big Data.
Diplômée de l’ENS et de l’UPMC en neurosciences cognitives et comportementales, Célya Gruson-Daniel s’intéresse aux transformations de la recherche et de l’éducation supérieure, notamment via les mouvements de l’Open Science et de l’Open Education.
 Elle a cofondé en janvier 2013 la communauté HackYourPhD.
 Dans le cadre de son doctorat en Information et Communication (École Doctorale Frontières de l’Apprentissage du Centre de Recherche Interdisciplinaire), elle consacre sa recherche au mouvement de l’Open Science.
celyagd.com @celyagd


Liane Huttner, aide à la coordination et à l'animation.


Liane Huttner est étudiante en Master de droit. Diplômée de l'université Panthéon-Assas en droit et de l'université Pierre et Marie Curie en biologie, elle s'intéresse à tous les liens qui relient science et biologie. Elle est stagiaire au centre Virchow-Villermé et participe à la coordination du MOOCSciNum et plus particulièrement aux éclairages apportés sur les questions juridiques. Liane Huttner


Avec le soutien de : Anneliese Depoux, Université Sorbonne Paris-cité ; Cécile
Cochard, Sapiens (Université Sorbonne Paris Cité) ; Karl-William Sherlaw, Centre Virchow- Villermé Paris-Berlin.


Avec la participation pour les interviews de : Hervé Le Crosnier, université de Caen ; Claire Nguyen et Catherine Weill, BIU Santé Paris  ; Vandana Sharma, Abdul Latif Jameel Poverty Action Lab (MIT) ; Antoine Flahault, Centre Virchow-Villermé Paris-Berlin, université de Genève ; Salma Mesmoudi, ISC-PIF INSERM ; Délia Rahal-Lofskog, CNIL ; Serge Bauin, Université Sorbonne Paris Cité / CNRS ; Danièle Bourcier, CNRS (COMETS et CERSA) ; David Pontille, Centre de Sociologie de l’Innovation / CNRS ; Florence Piron, université Laval (Québec) ; Guillaume Latzko-Toth, université Laval (Québec) ; Madeleine Pastinelli, université Laval (Québec).


Et pour les screencasts : Célya Gruson-Daniel, Centre Virchow-Villermé Paris-Berlin ; Alexandre Boutet, BIU Santé Paris ; Vincent Adam, UCL ; Guillaume Dumas, Institut Pasteur ; Jonathan Passerat-Palmbach, Imperial College of London ; Kévin Jean, Imperial College of London ; Lucie Albaret et Marie-Laure Paganelli Universite Pierre Mendès France, Thomas Crouzier, KTH Royal Institute of Technology ; Pierre Kerner, Université Paris Diderot.


Pré-requis


Utilisation de base de logiciels de bureautique ;

Connaissance de base de la démarche de recherche scientifique en santé et sciences du vivant (niveau licence préférable)


Plan du cours


Séance 0 : Recherche à l'ère du numérique : quelles transformations ? (séance d'introduction)
[ Interview ] Science à l'ère du numérique : quelles transformations ?
[ Screencast ] Présentation du MOOC

Séance 1 : S'appuyer sur des ressources scientifiques existantes
[ Interview ] Bibliothèque et numérique :  quels défis et quels rôles à jouer?
[ Screencast ] Savoir gérer sa bibliographie avec Zotero

Séance 2 : Collecter/produire des données scientifiques
[ Interview ] Numérique et collecte de données en santé
[ Screencast ] Daydream : un exemple de collecte de données en ligne

Séance 3 : Traiter/analyser des données scientifiques
[ Interview ] Données et numérique : quelles "réelles" transformations ?
[ Screencast 1] Recherche en neurogénétique : exemple d'utilisation de Python et de Github
[ Screencast 2 ] Analyse de données en épidémiologie avec R
[ Screencast 3 ] Une introduction à Git et Github

Séance 4 : Archiver/partager des données scientifiques : données de santé, données sensibles
[ Interview 1 ] Des données partagées aux données ouvertes en recherche
[ Interview 2 ] Quelles protections pour les données de santé en recherche ? 
[ Screencast ] Partage de données médicales anonymisées

Séance 5 : Partager ses résultats scientifiques : écrire et publier
[ Interview 1 ] Publier sa recherche à l'ère du numérique et Open Access
[ Interview 2 ] Droit d’auteur et licences Creative Commons : quelques précisions utiles avant de publier
[ Screencast 1 ] Déposer un article dans HAL
[ Screencast 2 ] Modifier un dépôt dans HAL

Séance 6 : Faire partie d'une communauté scientifique
[ Interview ] Panorama de l'évaluation scientifique et de ses évolutions (2 parties)
[ Screencast 1 ] Présence en ligne : retour d'expérience d'un chercheur
[ Screencast 2 ] Faire connaître ses activités de recherche : comparaison de Zenodo et Figshare
[ Screencast 3] Communiquer sur ses recherches : présence "en ligne".

Séance 7 : Nouvelles formes d’interaction en recherche et enjeux éthiques
[ Interview 1 ] Ouvrir le processus de recherche : des sciences citoyennes à la recherche participative
[ Interview 2 ] La recherche à l'ère du numérique, regards de sociologue
[ Screencast ] Blogs scientifiques : Strange Stuff and Funky Things et le c@fé des sciences


Évaluation

Quizz : chaque interview donnera lieu à un quizz de deux questions par vidéo.

Évaluation mi-parcours : il est demandé aux participants de rédiger un texte offrant une réflexion critique sur les transformations majeures et les enjeux soulevés par le numérique dans leur domaine de recherche en s'appuyant sur des exemples concrets. Le texte sera évalué et commenté par les pairs. Son contenu pourra être repris et complété pour l'exercice final. Les questions
 débat/ réflexion de chaque séance peuvent également venir nourrir cette réflexion.

Exercices pratiques : ils sont réalisés tout au long du MOOC mais notés à la fin, quand ils seront présentés dans l'exercice final. Ils mettent en œuvre les compétences pratiques acquises lors de chaque séance (création d'un compte zotero, github, d'un blog scientitique etc.). Le forum de discussion permet aux participants de faire part de leurs difficultés éventuelles et de s'entraider. Cette partie est conçue pour vous donner aussi des idées pour la réalisation pédagogique que vous aurez à réaliser pour l'exercice final.

Exercice final : Cet exercice final sera un exercice de synthèse des acquis et réflexions menées par les participants tout au long du MOOC.  Les participants partageront dans un document qu'ils devront mettre en ligne (sur la plateforme de leur choix) :

      • 1/ les résultats des exercices pratiques réalisés au cours du MOOC qui seront donnés sous forme de liens url.

      • 2/ une synthèse des réflexions menées autour du numérique et de la recherche qui reprendra le premier texte évalué à mi-parcours auquel le participant aura donné une plus grande profondeur d'analyse et ajouté une dimension prospective.
  • 3/ une réalisation pédagogique  (vidéo sur des outils, comparaison d'outils, de logiciels.. , guide avec des ressources structurées, infographies) du participant qui pourra amener ainsi sa propre pierre à l'édifice du MOOC.  L'objectif étant que le MOOC s'enrichisse de session en session.

A la fin du MOOC, les contributeurs les plus actifs à la partie A vous de jouer  (transcription, traduction du MOOC et participation au Zotero) se verront remettre une distinction spéciale. La contribution pourra également être prise en compte au cas par cas en cas de note finale un peu juste pour l'obtention de l'attestation de suivi.


Une note supérieure ou égale à 50 % pour l'ensemble des activités amènera à la délivrance d'une attestation de suivi. La répartition de l'évaluation pour chaque activité se fera selon le tableau suivant


Partenaires


Projet soutenu financièrement par l'Université Sorbonne Paris Cité (USPC) et les Investissements d'Avenir, avec l'appui du service d’accompagnement technique et pédagogique Sapiens.


Crédits et remerciements


Tournage/montage : Danielle Cabrera (Sapiens), Hélène Dupont, Gueorgui Kigouradze et Célya Gruson-Daniel (Centre Virchow-Villermé Paris-Berlin) avec l'aide de Liane Huttner, Armande Kra, Karl-William Sherlaw et Guillaume Dumas.

Graphisme : Bac Chu-Vu (picto et logo), Christelle Fritz (teaser), Hélène Pouille (infographie), Olivia Zarcate (inforgraphie juridique)

Nous souhaitons remercier :
- pour leur accueil : l'Hôpital Hôtel-Dieu APHP, l'université Laval, la CNIL, la BIU Santé Paris, l'ISC-PIF, le Centre de Sociologie de l'Innovation.
- pour leur soutien à la réalisation des infographies et des screencasts : l'université Pierre Mendès France, la BIU Santé Paris, Lucie Lemoine


Réseaux sociaux

Twitter : @MOOCSciNum #MoocSciNum

Groupe Facebook : MoocSciNum


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Licence Creative Commons Le MOOC "Numérique et recherche en santé et sciences du vivant : nouvelles pratiques et enjeux" de Centre Virchow-Villermé est mis à disposition selon les termes de la licence Creative Commons Attribution - Partage dans les Mêmes Conditions 4.0 International.